สำนักงานส่งเสริมอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์แห่งชาติจัดตั้งเมื่อ 23 กันยายน พ.ศ. 2546[2] ตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสำนักงานส่งเสริมอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์แห่งชาติ (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2546

สำนักงานถูกยุบเลิกเมื่อวันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2560 ตาม พระราชบัญญัติการพัฒนาดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม พ.ศ. ๒๕๖๐ มาตรา ๖๒ ที่กำหนดให้ยุบเลิกสำนักงานเมื่อพระราชบัญญัตินี้มีผลใช้บังคับและให้โอนกิจการ เงินและทรัพย์สิน สิทธิ หนี้และงบประมาณของสำนักงานไปเป็นของ สำนักงานส่งเสริมเศรษฐกิจดิจิทัล ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ตามพระราชบัญญัตินี้ [3]